De forskellige misbrugsstoffer kan i forskellig grad beskadige både hjernen og andre organer i kroppen. Alkohol er langt det mest skadelige stof. De øvrige stoffer (undtagen "snifning") er mindre skadelige for hjernen og ofte slet ikke for kroppen i øvrigt. De fleste stoffer kan give en akut forgiftning, det vil sige påvirke hjerne og krop på en måde, så personen bliver bevidstløs og eventuelt dør. Herudover giver stofferne i varierende grad ved længere tid anvendelse, specielt i større doser, nogle beskadigelser. Disse beskadigelser indgår som en del af den lægelige misbrugsdefinition.

For alkohol gør der sig det specielle forhold gældende, at længere tids anvendelse af større doser kan beskadige kroppen, uden at personen selv og ej heller omgivelserne nogensinde har ment, at der var tale om et misbrug. Alkohol er et meget giftig stof for både hjernen og flere andre organer i kroppen, således at et større vanemæssigt forbrug kan give beskadigelser, uden at den pågældende i øvrigt har nogle symptomer på eller oplever misbrugsproblemer.