Morfinstofferne er i høj grad giftige. En overdosis lammer respirationscentret, og personen holder op med at trække vejret. Det medfører på kort tid døden. Bortset herfra er morfinstofferne i høj grad uskadelige for organismen, og de bruges da også uden problemer som de mest effektive smertestillende lægemidler. Når mennesker, som indsprøjter morfinstoffer, får så mange alvorlige kropslige skader, skyldes det ikke selve stofferne, men urenheder, dårlig teknik og livet som stofmisbruger.

I påvirket tilstand kan stofmisbrugere (og andre med misbrugsproblemer) komme til skade f.eks. i trafikken. Hvis de indtager en stor dosis, kan de falde i søvn og, specielt hvis de samtidig har indtaget andre stoffer, sove meget tungt og længe. I en sådan tilstand ligger man meget mere stille end under normal søvn. Der kan således opstå liggesår. Hvis arme eller ben hviler mod en hård kant, kan nerver eller blodkar beskadiges, således at der kan komme lammelser eller kredsløbsforstyrrelser i den pågældende ekstremitet. Dette kan ses ved indtagelse af store doser af alle misbrugsstoffer også alkohol.

Vores blodkar er ikke beregnet til, at man hele tiden sprøjter stoffer ind i dem. Der kan således opstå irritation og betændelse. Da indsprøjtningen ofte foregår under uhygiejniske forhold, og det som indsprøjtes indeholder mange andre stoffer end morfinstoffer, kan irritation af blodkarrene bevirke, at disse lukker til. Det kan efterhånden være vanskeligt at finde nye steder at injicere. Der kan også på injektionsstedet opstå infektioner og store bylder. Hvis man begynder at anvende de større kar, kan skaderne bevirke, at blodforsyningen til kropsdele helt afbrydes, således at vævet dør, og man må foretage amputationer.

Er det, som sprøjtes ind inficeret, kan der komme blodforgiftning, som kan være dødelig. Der kan desuden være forskellige smittestoffer i sprøjten, især hvis man deler sprøjte med andre, og der er blodrester i. Det er således hyppigt, at der kommer leverbetændelse. Udover ved seksuel aktivitet spredes HIV fortrinsvis på denne måde. I Danmark har man gjort meget for, at stofmisbrugere skal anvende rene sprøjter (undtagen i fængslerne). Man har på denne måde opnået, at hyppigheden af HIV infektion og dermed AIDS er langt lavere end i mange andre lande.